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振替機関（保管振替機関）指定申請に関するご相談を承ります。必要な準備と手続きの進め方を整理し、ご希望の業務範囲に応じて支援します。
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社債・株式等の振替制度を担う金融インフラの構築を、制度設計から主務官庁との事前相談、業務規程、社内管理体制、システム・BCP、指定申請まで一貫して支援します。
振替機関指定申請代行の報酬は、3,300,000円（税込）からとなります。事業スキーム、取り扱う権利の種類、システム構成、既存の社内体制、当事務所が担当する業務範囲等を確認したうえで、正式なお見積りを提示します。
専門相談・面談は完全予約制・有料となります。
初回メール相談は無料です。対応可否と今後の進め方をご案内します。具体的な法令判断・資料確認を伴う専門相談・面談は完全予約制・有料で、範囲と料金を事前にご案内します。相談の範囲・料金を確認して問い合わせる
行政書士 緒方法務事務所では、金融庁その他の金融行政当局が所管する許認可・登録・届出等の金融行政手続を重点的に取り扱っています。振替機関の指定は、単に指定申請書を作成して提出すれば完了する手続ではありません。事業スキーム、対象となる権利、会社の機関設計、資本構成、人的体制、業務規程、内部管理態勢、システム、BCP、外部委託等を一体として設計し、それぞれについて法令上及び監督上の合理性を説明できる状態にすることが重要です。
当事務所では、こうした金融インフラ事業特有の論点を整理し、事業者と行政当局との間に立って、指定取得に向けた申請実務を支援します。
ご希望に応じて、助言・特定書類の作成など必要な範囲を承ります。報酬と適用条件は、下記の「ご依頼範囲別の報酬」をご確認ください。
振替機関とは、「社債、株式等の振替に関する法律」に基づき、主務大臣の指定を受けて振替業を営む株式会社をいいます。
現行法令上の正式な用語は「振替機関」です。「保管振替機関」という名称も従来から広く使用されているため、本ページでは検索上の分かりやすさを考慮して併記していますが、指定申請その他の法令上の手続では「振替機関」という用語を使用します。
振替制度では、対象となる社債、株式その他の権利について、紙の証券を物理的に受け渡す方法ではなく、振替口座簿の記載又は記録によって権利の帰属や移転を処理します。
その中心的な役割を担うのが振替機関です。
振替口座簿の記録には権利の帰属や移転に関する重要な法的効果が結び付いているため、振替機関には通常の金融事業者とは異なる高度な業務継続性、システムの信頼性、内部管理態勢及び財務基盤が求められます。
振替業を営もうとする事業者は、「社債、株式等の振替に関する法律」に定める要件を備え、主務大臣から指定を受ける必要があります。
振替機関の指定制度では、申請会社が形式的な要件を満たしているかだけではなく、その事業者が金融市場の重要なインフラを継続的かつ安定的に運営できるかという観点から審査が行われます。
そのため、申請準備に当たっては、会社法上の機関設計、資本金及び純資産、収支計画、役員・従業員の知識経験、業務規程、コンプライアンス、リスク管理、内部監査、システムリスク管理、情報管理、業務継続体制等を総合的に整備する必要があります。
「申請書を作る」ことよりも、その前段階における「指定を受けることができる事業者・業務・組織を作る」ことが重要な金融行政手続です。
近年は、ブロックチェーンや分散型台帳技術を利用したデジタル証券、セキュリティ・トークンその他の新しい金融サービスについて、振替制度との関係を検討するケースが増えています。
もっとも、デジタル技術によって権利を記録・移転する仕組みであるという理由だけで、直ちに振替機関の指定が必要となるわけではありません。
まず、取り扱おうとする権利が「社債、株式等の振替に関する法律」の対象となる「社債等」に該当するのか、その権利をどのような法的構成によって発行・移転させるのか、振替機関、口座管理機関、発行者、投資者その他の関係者をどのように位置付けるのかを整理する必要があります。
また、事業内容によっては金融商品取引法、信託業法その他の金融関連法令との関係についても別途検討が必要となります。
当事務所では、振替機関指定申請を前提として手続を開始するのではなく、まず事業スキームと対象となる権利を分析し、「そもそも振替機関指定が必要なのか」「どの金融規制が適用されるのか」という入口の整理から対応します。
振替機関として指定を受けるためには、法令上、一定の機関を備えた株式会社であることが必要です。
具体的には、取締役会を設置するとともに、監査役会、監査等委員会又は指名委員会等のいずれかを設置し、さらに会計監査人を置くことが求められます。
したがって、一般的な小規模株式会社の機関設計のまま振替機関の指定を受けることはできません。事業開始前の段階から、振替機関として要求されるガバナンス構造を前提として会社組織を設計する必要があります。
また、法人及び役員について法令上の欠格事由に該当しないこと、定款及び業務規程が法令に適合し、振替業を適正かつ確実に遂行するために十分な内容となっていることも必要です。
さらに、振替業を健全に遂行することのできる財産的基礎を有し、振替業に係る収支の見込みが良好であること、人的構成に照らして振替業を適正かつ確実に遂行できる知識及び経験を有し、十分な社会的信用を有すると認められることが必要となります。
したがって、資本金だけを準備すれば指定を受けられる制度ではありません。
振替機関の資本金については、法令により最低額が定められており、現在の最低資本金は5億円です。
さらに、純資産額についても5億円以上を維持する必要があります。
ただし、5億円という金額は法令上の最低基準であって、5億円を用意すれば財務要件の審査が完了するというものではありません。
振替機関は証券決済制度の中核を担うことから、事業規模、システム投資、固定費、運営費用、事務リスク、システムリスクその他のリスクに照らし、業務を継続するために十分な資本を確保していることが重要となります。
金融庁の監督においても、経営計画と整合した資本計画、各種リスクが顕在化した場合にも耐えられる財務基盤、流動的な資産の確保等が重要な確認事項となります。
そのため、指定申請に向けては、単なる資本金額の確認だけではなく、数年間の収支計画、システム投資計画、運営費用、資金調達計画等を整合的に構築することが必要です。
振替機関の指定申請において、特に重要となる書類が「業務規程」です。
業務規程は、振替機関がどのような権利を取り扱い、どのような者を加入者として受け入れ、どのような手続によって振替口座簿への記録を行い、どのように振替業を運営するかを定める基本規則となります。
業務規程には、取り扱う社債等の範囲、口座の開設、振替口座簿への記録、加入者の手続、発行者との関係、業務時間、休業日、手数料その他の利用条件等について、実際の事業モデルに応じた規定を設ける必要があります。
重要なのは、業務規程だけを独立して作成しないことです。
業務規程に記載された業務フローと、実際のシステム仕様、組織体制、権限分掌、事務手続、内部規程、外部委託契約等が相互に一致している必要があります。
金融許認可では、規程上は適切な体制が構築されていても、実際の組織又はシステムではそのとおり運営できない場合、十分な体制が整備されているとは評価されにくくなります。
当事務所では、業務規程だけを単独で作成するのではなく、事業スキーム、組織、システム及び社内規程との整合性を確認しながら作成を進めます。
振替機関には、金融市場の重要なインフラを運営する事業者として、実効性のあるガバナンスが求められます。
代表取締役及び取締役会が法令等遵守及びリスク管理を経営上の重要課題として認識し、重要事項について適切な意思決定及び監督を行うことが必要です。
また、監査機関が経営から一定の独立性を確保し、内部監査部門が被監査部門に対する実効的な牽制機能を持つことも重要となります。
コンプライアンス部門、リスク管理部門、業務部門、システム部門、内部監査部門等について、それぞれの役割、責任者、報告経路及び牽制関係を明確にする必要があります。
形式上担当者を置くだけではなく、その担当者が実際に職務を遂行できる知識、経験、権限及び人的余力を有しているかという点まで含めて検討する必要があります。
振替機関の指定審査では、事業者の人的構成も重要な要件となります。
役員及び主要な職員が、振替法その他の関係法令、業務規程、金融インフラの運営、コンプライアンス、リスク管理等について、担当する職務に必要な知識及び経験を有していることが求められます。
特に、経営陣が振替業の公共性とリスクを十分に理解しているか、コンプライアンス・リスク管理・システム・内部監査等を担当する人材が確保されているかは重要です。
申請準備では、単に役職名を決めるだけではなく、各担当者の経歴、実務経験、担当業務、兼務状況、指揮命令系統まで確認し、組織図、職務分掌規程その他の資料と整合させていく必要があります。
振替機関は、振替口座簿という法的効果を伴う重要な記録を電子的に管理するため、システムの安定性及び信頼性は極めて重要です。
システムリスク管理については、システム全体の構成、アクセス権限、本人認証、データの完全性、障害監視、変更管理、脆弱性管理、サイバーセキュリティ、バックアップ、復旧手順、インシデント発生時の対応等を総合的に設計する必要があります。
クラウドサービスその他の外部サービスを利用する場合には、自社で直接管理していない部分についても、委託先の選定、契約、モニタリング、障害発生時の連絡、データ管理、事業継続性等を含む外部委託管理が必要となります。
ブロックチェーン又は分散型台帳技術を採用する場合も、技術自体の名称や特徴だけで安全性を説明することはできません。
誰がノードを管理するのか、誰が記録を確定するのか、不正又は誤記録が発生した場合にどのように訂正するのか、秘密鍵その他の認証情報をどのように管理するのか、システム障害時に振替業をどのように継続するのか等を、法制度と実際の運用の双方から説明できる必要があります。
振替機関には、災害、システム障害、サイバー攻撃、通信障害、停電、感染症、委託先の障害その他の事態が発生した場合にも、重要業務を継続又は速やかに復旧できる業務継続体制が必要です。
そのため、BCPを文書として作成するだけではなく、重要業務の特定、代替手段、バックアップ、復旧手順、緊急連絡体制、意思決定権限、委託先との連携等を具体化する必要があります。
システム構成や業務規模によっては、データセンター、クラウド環境、バックアップ拠点その他の冗長化についても検討することになります。
振替業の継続性は、指定時だけではなく、指定後の継続的な監督においても重要な事項となります。
振替機関は、多数の発行者、口座管理機関その他の市場参加者が利用することを予定した金融インフラです。
そのため、加入者となるための条件や利用条件について、合理性及び公正性を確保する必要があります。
特定の事業者を合理的な理由なく有利又は不利に取り扱うことがないよう、参加要件、審査手続、利用停止その他の措置について客観的な基準を設け、それを業務規程その他の規程に反映させることが重要です。
事業者自身又はグループ会社が振替機関の利用者となる場合には、利益相反管理についても慎重な検討が必要となります。
振替機関は、原則として振替業以外の業務を営むことができません。
ただし、振替業に関連する業務であり、振替業を適正かつ確実に営むことに支障を生ずるおそれがないと認められる場合には、主務大臣の承認を受けることによって兼業が認められる場合があります。
したがって、既存事業を行っている会社が振替機関指定を取得しようとする場合には、その既存事業を継続できるのか、別会社化が必要なのか、兼業承認を検討するのかを早い段階で整理する必要があります。
会社組織を確定した後になって兼業制限が問題となると、事業スキームや会社構成そのものを変更しなければならない可能性があります。
振替機関が振替業の一部を他の事業者に委託する場合には、法令に基づく承認が必要となる場合があります。
現代の金融サービスでは、システム開発、クラウド、データセンター、セキュリティ、本人確認その他の機能について外部事業者を利用することが一般的ですが、振替機関自身が業務運営について責任を負うという基本構造は変わりません。
そのため、どの業務を自社で実施し、どの業務を外部委託するのかを明確にしたうえで、委託先の選定基準、契約内容、情報管理、モニタリング、障害時対応、監査等の体制を整備することが必要となります。
システム開発を外部ベンダーに全面的に任せている場合であっても、申請会社自身がシステムの仕組み及びリスクを理解し、行政当局に説明できる体制を構築することが重要です。
振替機関の指定は、「社債、株式等の振替に関する法律」に基づく主務大臣の指定です。
国債を取り扱わない一般振替機関については、内閣総理大臣及び法務大臣が中心となる制度となっており、金融庁及び法務省との関係が生じます。
国債を取り扱う場合には、財務大臣も関係することになります。
したがって、振替機関指定申請は単一の行政庁だけを想定して準備する一般的な許認可とは性質が異なり、金融行政上の観点と、権利の発生・移転等に関する民商法上の観点の双方を考慮して制度設計を行う必要があります。
当事務所では、それぞれの行政機関に対して説明する事項を整理し、事業者側の説明が一貫するよう申請全体を管理します。
指定申請では、指定申請書だけではなく、会社及び事業の適格性を確認するための多数の添付書類が必要になります。
法令上、申請会社の商号、資本金及び純資産額、本店その他の営業所、役員、振替業以外の業務等について申請書に記載し、定款、登記事項証明書、業務規程、貸借対照表、損益計算書、収支見込みに関する資料、役員等に関する資料その他の書類を整備する必要があります。
さらに、実際の審査や事前相談では、事業スキーム、資本関係、株主構成、組織体制、職務分掌、コンプライアンス、リスク管理、内部監査、システム、情報セキュリティ、BCP、外部委託等を説明する資料が重要となります。
したがって、法令上列挙された添付書類だけを作成するのではなく、「どのような会社が、どのような体制で、どのような振替業を安全かつ継続的に行うのか」を行政当局が理解できる申請資料一式を構築する必要があります。
最初に行うべきことは、事業構想と対象となる権利の法的整理です。
どのような権利を取り扱うのか、どのような発行者及び投資者を対象とするのか、どのような仕組みで権利を記録・移転するのかを確認し、振替法の適用関係を整理します。
次に、振替機関として必要となる会社の機関設計、資本構成、株主構成、役員及び主要担当者、組織体制等を検討します。
その後、主務官庁との事前相談に向けた説明資料を作成します。新規性の高い事業については、完成した申請書を突然提出するのではなく、事業の全体像、対象となる権利、システム、業務フロー、リスク管理等を整理したうえで、段階的に行政当局との認識を合わせていくことが重要です。
行政当局との協議を踏まえながら、業務規程、社内規程、組織体制、システム、BCP、外部委託体制、収支計画その他の申請内容を具体化します。
申請に必要な体制及び書類が整った段階で正式な指定申請を行い、行政当局からの照会、追加資料の提出依頼、補正等に対応します。
指定要件を満たすと認められた場合には主務大臣による指定が行われ、その後、実際の業務開始に向けた体制を確定します。
一般振替機関について、法令上の標準処理期間は、正式な指定申請が行政機関の事務所に到達した日から2か月とされています。
ただし、この2か月には、申請書の補正に要する期間、申請内容を変更するための期間、審査に必要な追加資料を提出するための期間は含まれません。
また、指定申請前に行う事業スキームの検討、会社組織の整備、システム開発、業務規程・社内規程の作成、主務官庁との事前相談等に要する期間は、標準処理期間とは別です。
そのため、「申請から2か月で事業を開始できる」という意味ではありません。
特に、既存制度に前例の少ない事業、新しい技術を利用する事業、大規模なシステム開発を伴う事業については、正式申請に至るまでの準備期間が長期化することがあります。
事業開始予定日から逆算し、できるだけ早い段階で行政手続の検討を開始することが重要です。
振替機関の指定は、指定を取得した時点で行政対応が終了する制度ではありません。
指定後も、業務及び財産の状況について継続的な監督を受け、法令に基づく報告、届出、認可申請等への対応が必要となります。
定款や業務規程の変更、資本金の変更、兼業、業務の外部委託、役員その他の重要事項の変更等について、内容に応じて認可、承認又は届出が必要になる場合があります。
また、システム障害その他の重大な事象が発生した場合には、行政当局への報告その他の対応が必要となることがあります。
行政当局は、振替業の適正かつ確実な遂行のため必要がある場合には、報告徴求、検査、業務改善命令その他の監督上の措置を行うことができます。
したがって、振替機関指定申請を検討する際には、指定を取得するためだけの一時的な組織を作るのではなく、指定取得後も継続して金融行政監督に対応できる組織を構築することが重要です。
行政書士 緒方法務事務所では、振替機関指定申請に関し、単なる申請書類の作成にとどまらず、指定申請までの行政手続全体を支援します。
事業構想の段階では、対象となる権利、事業スキーム、参加者、資金及び権利の流れを確認し、振替法その他の関連する金融規制の適用関係を整理します。
指定取得が必要となる場合には、法定要件及び監督上の着眼点を踏まえ、会社の機関設計、組織体制、人的構成、資本計画、収支計画等について、申請上の論点を整理します。
主務官庁との事前相談では、事業概要説明資料、スキーム図、組織図その他の説明資料を作成し、行政側から示された質問・指摘事項を整理しながら申請内容を具体化します。
業務規程その他の社内規程については、実際の業務フロー、組織及びシステムと整合するよう作成・整備を行います。
正式申請後についても、行政当局からの照会、追加資料の要求、補正等に対応し、指定取得まで継続して手続を支援します。
必要に応じて、金融実務、会計、IT、サイバーセキュリティその他の専門家との役割分担を整理し、行政手続全体の整合性を確保します。
金融許認可では、法律の条文を確認するだけでは十分ではありません。
事業者が予定しているビジネスモデルを理解したうえで、どの法令が適用され、行政当局がどの点を問題とする可能性があるのかを整理し、その論点を会社組織、社内規程、収支計画、システム及び実際の業務運営へ反映させる必要があります。
特に振替機関の指定は、金融行政、会社組織、証券決済、システム及び権利移転の制度が交錯する専門性の高い手続です。
当事務所では、金融許認可を重点業務として取り扱ってきた経験を活かし、行政当局に提出する書類相互の整合性だけではなく、行政との面談・照会対応を含めた申請全体を管理します。
当事務所代表は特定行政書士です。行政書士法上認められる範囲において、許認可等に関する不服申立て手続についても対応可能です。
振替機関指定を検討する場合は事業設計の初期段階からご相談ください
振替機関指定を検討する場合、システム開発や会社組織を確定してから行政手続を検討すると、法令上又は監督上の要件に適合させるため、大幅な設計変更が必要となることがあります。
特に、取り扱う権利の法的性質、既存事業との兼業関係、会社の機関設計、資本金、株主構成、役員及び主要人員、外部委託、システム構成等は、事業計画の早い段階で確認することが望まれます。
まだ具体的な申請書類を作成できる段階まで事業計画が固まっていない場合でも、予定しているサービス、取り扱う権利、対象顧客、システムの概要、事業開始予定時期等が分かれば、初期的な論点整理を行うことができます。
「振替機関の指定が必要かどうか分からない」という段階からご相談いただくことも可能です。
助言、特定書類の作成、調査・確認などの部分支援から、手続全体の支援まで、ご希望に応じて承ります。部分的なご依頼は、手続全体の支援報酬とは別にお見積りします。
1時間110,000円（税込）・完全予約制。具体的な法令判断や資料確認を伴う相談です。相談事項、事前に確認する資料の範囲、追加調査の取扱いを実施前にご案内します。
1通55,000円（税込）から。10頁以内の書類についての最低報酬の目安です。高度な法令調査、複雑な事業スキーム、関連資料との整合性確認、修正対応等の範囲により個別にお見積りします。別途料金を掲載している個別サービスには、その金額・条件を適用します。
内容・範囲に応じた個別見積り。登録・許可の要否の調査、既存書類の確認、特定の規程の見直し、行政庁への回答案作成など、必要な部分をご相談ください。作業内容と成果物を定めて受任します。
以下の支援は、対象業務と工程を確認してお見積りします。作成・確認する資料、行政庁への提出・説明・照会対応、修正対応の範囲、実費・追加費用、お客様との役割分担を、ご契約前に明確にします。
振替機関指定申請代行の基本報酬は、3,300,000円（税込）からとなります。
実際の報酬額は、対象となる権利、事業スキーム、新規性、主務官庁との事前相談の状況、業務規程その他の規程作成の範囲、組織体制の整備状況、システム及び外部委託の内容等によって異なります。
大規模な社内規程整備、追加的な調査、外部専門家の関与その他通常の指定申請業務を超える業務が必要となる場合には、事前に業務範囲と費用を確認したうえで対応します。
専門相談・面談は完全予約制・有料です。
行政書士 緒方法務事務所では、東京都、神奈川県、千葉県、埼玉県をはじめ、全国の事業者から振替機関指定申請に関するご相談を承っています。
金融行政手続では、所在地の近さ以上に、事業スキーム、法令、行政当局との協議内容及び申請資料を一元的に管理することが重要です。
オンラインによる打合せを活用しながら、必要に応じて対面での打合せや行政当局との面談にも対応します。
振替機関は、単なる金融サービス事業者ではなく、権利の移転と証券決済を支える金融インフラとして、高い公共性と継続性を求められる制度です。
そのため、指定申請では、法律上の形式要件だけではなく、事業の実現可能性、ガバナンス、財務基盤、人的体制、業務規程、システム、BCP、リスク管理等について、一貫した説明ができる状態を構築する必要があります。
行政書士 緒方法務事務所では、金融行政手続を専門的に取り扱う行政書士として、事業構想の整理から主務官庁との事前相談、規程及び申請書類の作成、行政当局との面談・照会対応まで、振替機関指定に必要となる行政手続を総合的に支援します。
振替機関の新規設立、既存事業からの参入、デジタル証券その他の新しい金融インフラの構築をご検討の場合には、事業計画を確定する前の段階からご相談ください。
本ページは、2026年9月時点の法令及び金融庁の監督指針を踏まえた一般的な情報を記載したものです。実際に必要となる手続及び対応は、取り扱う権利、事業内容、システム、組織体制その他の事情によって異なります。
編集・発信：行政書士 緒方法務事務所
運営責任者：特定行政書士 緒方 隆朗（資格・経歴・事務所概要）
ページ更新日：2026年10月16日